医学SCI科研写作:如何发表3分+生信文章

作者:快检测查重系统     发表时间:2021-02-08 11:34:29   浏览次数:607


  近年来,纯生信发SCI越来越难。比如著名的生信之友Aging(IF:4.8),曾经又快又好,如今却郑重声明不再接受收纯生信文章。

  生信文章想过3分,有两个招:一是要加实验,哪怕是最简单的ELISA。二是往高级的方向走,比如今天介绍的WGCNA。传统的GO分析和KEGG,早已被取代。所以,要想编辑对你的文章青睐有加,请务必更新自己的技术。

  WGCNA全称是“加权共表达网络分析”,它是把共表达的基因视为模块,再分析模块和表型之间的关系。它需要两个文件,一是临床表型文件,二是基因表达矩阵文件。其具体含义和用法,请结合文献解读来体会。

  今天介绍的这篇“Identification of biomarkers related to CD8+ T cell infiltration with gene co-expression network in clear cell renal cell carcinoma”,即通过WGCNA技术分析肾透明细胞癌中与CD8+ Tcell浸润相关的标志基因。

  这篇文章发表在《Aging》上,作者单位是中国医科大学一附院,它思路异常简单,却征服了日渐骄傲的Agine杂志,也摸到了5分的门槛。

  第一步,利用cibersort做免疫相关的表型文件。

       作者在GEO数据库下载了编号为GSE73731的样本数据。通过cibersort在线网站(https://cibersort.stanford.edu/)分析,简单得到了T细胞、巨噬细胞等免疫细胞在样本中的表达量。该文件作为临床表型文件,备用。

  第二步,WGCNA分析。

  首先对基因表达矩阵文件进行预处理、矫正和计算基因变异系数(CV),选取CV>0.1的高变异基因。其次根据WGCNA标准的流程,选取合适的软阈值,将相似的基因汇聚在相同模块里(图一)。

  最后读取表型文件,选择T细胞作为研究对象,得出不同模块和T细胞之间的相关系数。如图二所示,绿色模块和CD8+T细胞的相关系数最大(图二第一列,系数是0.5)。

医学SCI科研写作:如何发表3分+生信文章

  (图1)

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  (图2)

  第三步,选择关键基因。

  在绿色模块中的基因,根据MM>0.8(图3横坐标)和GS>0.5(图3纵坐标)为条件,选择出30个关键基因(图3)。

  进行PPI分析后,进一步筛选出10个关键基因。并在TCGA数据库中进行验证,即和正常组织相比,这10个基因在肿瘤组织中的表达明显升高(图4)。

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  (图3)

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  (图4)

  第四步,KM生存分析和Oncomine数据库验证。

       作者得出CCL5是和预后最相关的基因。(图5)

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  (图5)

  第五步,简单的实验验证。

  在肾细胞癌细胞系769-P中,CCL5敲低后细胞系增殖能力和侵袭能力显著降低。(图6)

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  (图6)

  这篇文章最初吸引我的亮点是利用WGCNA研究免疫微环境,从来没想到WGCNA还可以这样用。

  肿瘤免疫微环境也是目前十分热门的研究内容了,我想如果本文能更进一步加上PD-1、LAG3、TIM3等相关因子的表达和研究,一定会更加出彩。

  本文的思路可复制性也很高,完全可以换个癌症,采用同样思路进行研究。

  以上就是关于医学SCI科研写作:如何发表3分+生信文章的相关内容,希望对大家有所帮助。

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